長谷寺は、昔「種月庵」と呼ばれていた。
天文16年（1547年）に真田幸隆公が上州安中の長源寺から晃運和尚（こううんおしょう）を招き、
「真田山種月院長谷寺（しんでんさんしゅげついんちょうこくじ）」として創建された。
その後、真田昌幸公によって整備され、真田家の菩提寺となった。
元和元年（1622年）に真田信之公が松代へと移封となり、松代に「長国寺（ちょうこくじ）」を建立。
そのため、長谷寺は末寺となり今日に及んでいる。
度重なる戦火や災害に見舞われ、貴重なものは全て無くなってしまった。
現在の本堂は昭和53年に、庫裏・位牌堂は平成元年に再建され、鐘楼は平成20年に建てられた。
本堂裏手には、真田幸隆夫妻と昌幸公の墓がある。
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